十几艘身长七丈五尺（23米）的鸟船与四百料的巡座船护卫两翼，多艘体型较小的九江式哨船、苍山船分散在舰队周围寻敌。
在攻击矛头后面是以三艘福船为核心组成的中军，由巡抚南居益、总兵谢隆仪、副总兵俞咨皂三人坐镇。
这支舰队里称得上大船的只有二十多艘，主要负责运兵与火力压制，其他的都是中小型船只。
根据可靠消息，澎湖诸岛上的荷兰人现在只有七艘军舰、900名士兵，荷兰人在岛上修筑工事，一直在为守岛做准备。
庞大的船队出海，路过的商船或者海盗离得老远见到这么一支船队，无不退避三舍。
澎湖岛上的荷兰人在弄清明军船队的实力后，也不敢前来挑衅，明军船队一路乘风破浪，来到澎湖列岛海外。
澎湖列岛因港外海涛澎湃，港内水静如湖而得名，由64个岛屿组成，主要岛屿有澎湖本岛、渔翁岛和白沙岛，其中有44个无人岛，剩下的20座岛屿上都有人居住。
荷兰人的战船分散到各个港口里，当炮台使用。
来到岛外的第一天，明军几乎没受到抵抗就占领了八座岛屿，但都是小岛。
当晚，南居益等人在其中一座被商人称为黑石道的无人