惠世扬走了，朝廷里的政治斗争却未停下。
此时朝廷里的政治形式是东林党一家独大，齐楚浙三党联合起来对抗东林党，宣党、昆党等则没什么话语权，朱由检面对的就是这么个局面。
至于魏忠贤的阉党，阉党规模还不如宣党呢。
此时的魏忠贤远没有历史上天启年间那般的心计，他的心理还没扭曲，还干着人类的事情，这大大限制了阉党发展。
既然指不上阉党，朱由检自己的帝党势力也很小，他就只能在暗里想点办法了，让魏忠贤与王体乾一起从内部分化瓦解东林党。
眼下，朝廷最大的争议在于方从哲是否有罪，东林、齐、楚、浙等党派的人异口同声的认为方从哲有罪。
也有小党派或无党无派的官员提出异议，这部分人得到了朱由检的支持。
群臣越是要方从哲死，他就越要方从哲活。
方从哲本就是因各党妥协，才被推举出来的一个人物，他本身并没有足够的能力解决万历朝最后几年所面临的种种问题。
他所做的只能是协调各方，并勉强维持局面。然而时运不佳，加上天灾（小冰河时期）人祸（努尔哈赤崛起），以及内部因素（党争），方从哲仅能勉强保全自己。