动了两宫和圣驾，搞不好是灭九族的大罪。事后，剿灭这股捻匪的李鸿章得到了朝廷的嘉奖，并于1867年高升一步、官拜湖广总督；而放跑这股捻匪的左宗棠满心惶恐的进京述职，两宫皇太后在召见左宗棠的时候倒也没有说什么怪罪的话，但是慈禧太后却客客气气的对左宗棠说了句十分有水平的话：“……谕以进兵须由东而西，力顾晋防，毋令内窜……”
粗译下来就是剿匪必须从东向西剿，力保山西，不许再让捻匪内窜。然后仍令左宗棠回防西北。
李鸿章得意了，而左宗棠却很失落，剿匪剿了大半辈子，到头来却还要被两宫皇太后“指点”剿匪必须“自东向西”，自己没面子也就罢了，却白白的让李鸿章出了一次大风头，面子和里子一起丢了。以左宗棠的性格，这口气肯定是咽不下去的，但咽不下去也得咽，谁让捻子是从自己的防区溜走的呢？要说剿贼的能力，左宗棠瞧得上眼的人并不多，而李鸿章恰恰就是左宗棠少数能正眼瞧的人中的一个。形势比人强，不服气不行。
1868年1月，李鸿章的马队（由淮军长江水师集体转制而来，丁汝昌位列其中，其长江水师的服役经历也成了日后他成为北洋海军提督的一大根源）在山东剿灭了赖文光、任柱所部的东捻军主力，