蒸汽舰艇，对此，统管长江水师的长江巡阅使彭玉麟竟以种种理由推托。两江总督南洋大臣的号令都很难在自己所辖的长江水师中贯彻，全国海军的整体状况便可想而知。简而言之。清廷仍是用管理传统水师方法管理近代海军，根本未意识到近代海军装备技术相当复杂。必须统一，系统管理高度远非旧式水师可比。何况，朝野许多人都认为建立海军衙门这样一个中国传统“六部”所没有、只有“夷狄”才有的新机构，意味着“以夷变夏”！
1874年6月的中日琅峤战役，是中国近代海军组建以来对外第一仗，虽然取得了重大胜利，但也暴露出了中国海军力量的单薄，使清廷开始重视海军建设，在1875年2月，清廷发布上谕，承认虽然与曾建立造船厂、建有海军，但“造船不坚、制器不备、选将不精、筹费不广”是导致日本胆敢悍然入侵的主要原因。表示“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”，而海军衙门便是在这样的背景下成立的。
海军衙门的设立可以说适应了洋务运动发展的需要，当时中国已初步具备建立海军的条件。清王朝自19世纪60年代以来广泛设厂制械、造枪造炮、制造船舰，逐步改变着中**队陈旧落后的武器装备。这不仅使陆军由千年一贯的大刀长矛