当日，慈禧太后发布懿旨：“海防善后事宜关系重大，著派醇亲王奕擐总理海军事务，所有沿海水师，悉归节制调遣，并派大学士文祥、宝鋆、直隶总督李鸿章、两江总督沈葆桢、筹办海军事务大臣林义哲会同办理。船政大臣丁日昌、福州将军文煜帮同办理。现当北洋练军伊始，即责成李鸿章专司其事。其应行创设筹议各事宜，统由该王大臣等详慎规画，拟立章程，奏明次第兴办”。根据这道任命，醇亲王奕擐等一改以往推诿、观望之态，仅用6天即筹划就绪，奏请设立“总理海军事务衙门”，同日懿旨允准。其速度之快，在有清一代的历史上颇属罕见。从此，中国近代化的海防力量由中央政府直接运筹。
而正是从这一天起，中国近代的历史，翻开了崭新的一页。
海军衙门的设立不是偶然的。它可以说是中华民族与帝国主义列强矛盾日趋激化的产物。也可以说是晚清封建统治集团日益感受到列强来自海上的威胁，抵御外侮、加强海防的重大举措。
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