是奏请娄军停止入境，结果惹得左宗棠大为不快。
随着军情紧急，郭嵩焘仍力促淮军入境，防堵太平军，而左宗棠则奏请淮军回防江苏，坚决不欢迎老对头李鸿章的淮军部队到来，同时，为了闽浙的安全起见，左宗棠甚至打起了“以邻为壑”的主意，想要把太平军余部尽数驱赶入粤，结果和郭嵩焘发生了激烈的争论和冲突。不久朝廷任命左宗棠节制闽、浙、粤三省军务，左宗棠从法统上取得了督粤的权力也就是领导郭嵩焘的合法性。为了不让郭嵩焘再阻碍自己，左宗棠连上四折参劾郭嵩焘，不过不是说军事布署上的事，而是称郭嵩焘“筹饷不力”，尤其责备粤省督抚不和，“至督臣之于抚臣，虽有节制之义，然分本等夷，彼此当以协恭为尚。遇有意见不和，则力争之，退则依然朋友之素，此和而不同之君子也。若必以相忍为和，则树党养交，弊从此起。臣下之利，非朝廷之利，臣愚以为臣下意见不妨时有，而是非要不可不明。”并且在折子里还提供了广东巡抚的候选人，迫使朝廷罢免郭嵩焘的意思非常明显。结果郭嵩焘被免职，被迫归乡闲居。
对于左宗棠的作法，郭嵩焘直到现在也还都想不通：
“……最不可解者，与某公至交三十年，一生为之尽力……嗣是一意相与为难