水师船队方向靠近，不断的实施炮击，一艘接一艘的中国帆船被击沉，福建水师官兵们的士气开始崩溃了，一些战船试图退往海岸炮台一带避险，“一些帆船因它们的排水量轻微，正好又赶上了顺风，得以脱离战斗，驶回岸边，但它们有的侧面受了重伤，当它们急速逃走时，不少船只搁浅在了海岸边，后来也都被日本人用火炮击毁。”
停泊在厦门岛岸边的船只因为根本没有武装，也毫无悬念地倒在了日舰的炮口下，这些民船上的大量水手事前已逃离登岸，才避免了重大伤亡。“至于那些停泊在堤岸的运输船和商船，船员逃掉了。日本人的炮火毁掉了其中的大部分，只有少量船只幸免。”
尽管福建水师遭到了毁灭性的打击。但很多英勇的官兵一直坚持战斗，根据当时观战的外国商船上的人们的一些记述，福建水师官兵最后坚持作战的场面极其惨烈。
“一艘飘扬着‘帅’字旗的中国海军的木帆船被日本人的炮弹击中了，开始下沉，但指挥它的中国将军还在努力坚持作战，向敌人开炮射击，看到一些胆小的水兵准备跳水逃生，这位将军愤怒地拔出佩剑劈砍，最后这艘船沉没了。这位刚烈的将军也掉进了大海里，……一阵炮声过后，水面上只剩下了片片木板，和满海的血红……”