最大的问题是严峻的财政形势。几乎要到达危机的地步。政府成立初期沿袭旧规，收实物税。但是随着时代的演进。实物税制破绽百出。而且由于长期战争的破坏和战费支出。实际收入大大减少。特别是在当时政府没有足够实力压制诸藩。因而只能从直辖地区内收取地租。政府的实际收入仅占全国地租的四分之一。而且，不兑换纸币的大量印发，事实上加剧了民间的贫困，以至于维新初年时的日本经济是一片混乱（这便是后世愤青小白们津津乐道的“明治维新神话”真象，以为只要一“维新”了，就一夜转型成功）。
为了稳定财政基础，大隈的第一步是积极参与“版籍奉还”的谋划。维新之前，日本是藩国体制，四个岛被分割成大大小小的近300多个藩国。各藩对于自己的领地有 独立的财权和法权。日本实际上并不是一个统一的国家。维新初年，政府因为暂时无力消灭这些藩国，因此建立的是藩府县三重体制。政府控制区内划分府县，而藩国则保留下来。由于政府不能从藩国掌控的地盘内收取税收。为了解决财政问题，只好暂时从自己的地盘内加税来解决这个问题。但是，经过战乱之后，政府控制区经济混乱，加税既收不上来什么钱也不得民心。被财政困难逼的捉襟见肘的政府痛下决心，废除藩国