日本诸藩再不能选择观望的态度。于是各藩有的加入幕府，有的加入新政府。此时的佐贺藩因为大隈等人的努力宣传，藩内舆论倾向于新政府。经过考虑之后，新藩主锅岛直大决定放弃观望态度，加入新政府一方。佐贺藩的加入大大增强了倒幕军的力量。而佐贺藩本身的强悍实力使得佐贺藩虽然加入倒幕派较晚，但却后来居上，超越了其他倒幕藩国。由于佐贺藩积极参加内战，凭借自己的先进武器和强大军力在各处为明治政府作战，屡建功勋。新政府建立之后，着力取士，明治政府希望因此能提拔一些思想开放的士人，淘汰陈旧的规章和势力。同时也利于倒幕藩国瓜分新政府的权力。虽然佐贺藩是后进者。但是作战积极，功勋卓著，本身又有强大实力。藩内藩士又都思想较为开放，所以政府不敢忽视佐贺。明治元年，政府下令在各藩取士。来建立新的近代政府。大隈做为佐贺的改革名人，又曾经对长州施以援手。在调停长州的外交危机时表现很好，因此受命成为新政府的官员，出任外国事务局判事。走上了建设近代日本之路。
大隈上任之后的第一件任务是处理所谓的 “浦上教徒问题。”自幕府成立以来，都严禁在日本传播基督教。庆应3年6月，长崎奉行所逮捕了68名基督教徒并且将其判罪。西方