付能力十分脆弱。且此时日本仍在欧美列强的干涉和不平等条约压迫下，明治政府继承了幕府的对外债务和各项赔款，进一步加重了财政负担。虽然有了明治维新，但日本的整体政治气氛仍然停留于幕府时代，只不过效忠对象由幕府转为天皇政府而已。且各藩以维新功臣自居，在新政府中不断争权夺利。
日本政府中以木户孝允为首的开明派认识到：欲在内消除割据分裂的隐患。对外摆脱列强压迫的危机，必须构建与幕府时代不同，能“与万国相对峙”的新日本，对于这个新日本的构架。伊藤博文明确指出：必须建立绝对主义的中央集权体制，“一切政令法度皆出自朝廷”，而其关键在于废除各藩，清除构成“小权”的基础。在具体实施上。采取先改革藩政，再“奉还版籍”（即各藩将土地和人民献给朝廷，不再为自己所私有）。最终废除各藩的渐进式政策。
按照这个政策，明治政府下达藩治职令，接着推行“奉还版籍”；同时要求萨摩、长州、土佐、肥前四藩向朝廷“贡献兵力”，设立“御亲兵”；后又实施“废藩置县”。在这一系列处理过程中，日本社会的矛盾不断积累，。
早在倒幕运动时期，维新派以“尊王攘夷”为纲领，斥责幕府的开国行为是违背天皇意志的悖逆