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虽然幕府做了最大的努力，但是舰只还是主要靠从外国购买，除向荷兰定购外，向美国定购了“富士山”号，向俄国定购了“回天”号，向法国定购了“甲铁”号即后来的“东”号)等。就这样，在幕府一门心思的发展海军之下，短短15年间，就拥有了洋式军舰45艘。横须贺制铁所也是在这时开办起来的。而由于开放所带来的国外贸易的迅速发展，导致国内矛盾激化，最终发展成为了讨幕运动。虽然旧的幕府垮台了，新的明治政权诞生了，但因为西乡隆盛、胜海舟等人的远见卓识，避免了毁灭性的破坏。军舰和海军设施及海防思想等几乎都完好无损地被明治政府继承下来。
内战并没有完全结束，刚刚平定了北陆奥羽，1868年8月，原幕府海军副总裁榎武扬伙同大鸟圭介，板仓胜静，松平定敬等率领留给幕府的4艘军舰“开阳”号、“回天”号、“幡龙”号和“千代田”号及4艘运输船，偷偷开往函馆，占据五陵郭，举起了叛旗。为了平叛，新政府兴师讨伐。但光靠政府的战舰是不够的，幕府又征调了鹿儿岛藩的“春日”号，山口藩的“第一丁卯”号，秋田藩的“阳春”号，广岛藩的“丰安”号，德岛藩的“戊辰”号，久留米藩的“晨风