今日而已亟矣，识时务者莫不以采西学、制洋器为自强之道。”
奏请得到了慈禧所控制的清廷最高领导层的认可。在天文算术馆顺利进入筹备阶段的同时，一股抵制、反对的暗流也正在悄然汇聚。1867年3月5日监察御史张盛藻的一纸奏折，终于引爆了这场大论争。
张盛藻在奏折里指责说：朝廷令科甲出身的“正途人”去学习这些机巧之事，而且还用升官、银两赏赐来诱惑，是重名利、轻气节！这样搞，会把“读孔孟之书，学尧舜之道”的“正途人”引向歧途。
在恭亲王等人的操作下，张盛藻的奏折被皇帝谕旨严厉驳回。谕旨里说。天文算学是儒者应当学习的知识，不可视为“机巧”！
看到张盛藻被洋务派一棍子打了下去，当时的晚清士林领袖、大学士倭仁迫不及待的亲自登场，与恭亲王展开了两个回合的激烈论战。
倭仁是著名的理学家，在当时的士大夫当中享有崇高的威望。同治初年，倭仁与李棠阶、吴廷栋合称“海内三大贤”，同文馆之争发生时，李棠阶已经去世，吴廷栋已经告老还乡，倭仁身为帝师。独立京城，身份地位也就更显尊崇。3月20日，倭仁上奏，直言反对科举出身的士子师从“夷人”，认为这样会“动摇国本”，