江下游的乌龙江、白龙江、琴江三江交汇处，距离闽江入海口30公里，水量充沛，且四周群山环绕，闽江口外又有琅岐岛、马祖列岛等岛屿为天然屏障，是避风条件好、淡水供应充足、不冻不淤的天然良港。
船政厂区选址所在的马尾港左侧江岸虽然地势险要、易守难攻切水量充沛、不淤不积，但是临岸水深过浅，仅仅5米，既不能靠泊吃水深的船只，也无法建造任何吃水接近5米的船只（即便造出来了也无法下水）。
即便是建造吃水不超过5米的船只，下水时还得看江水的情绪，只有趁涨潮时分才能够下水成功；且中岐乡地段土质疏松，不适合开挖传统的石质干船坞。因为这里土质过于疏松，极易引发渗水或是塌方等严重事故，所以后来船政选择使用施工难度较低的“拉伯特”式拖船坞。虽然历史上的船政局曾经拥有的拖船坞建成的时候是当时远东第一、世界第二大的拖船坞，但是最大也只能允许2500吨左右的船只上坞维护，在客观上限制了船政局所造船只的吨位，这也是为什么在很长的一段时间里，福建船政所建造的舰船很少有超过2500吨的原因所在，这种只能生产2500吨级以下船舶的情况，直到1893年，能容纳15000吨级船舶的船政“青洲船坞”建成投入使