“安第斯”号原本是一艘豪华的游轮，但是在十年前有一伙儿称呼自己为“达摩克利斯之剑”的组织成员劫持了这艘船。如果仅仅只是他们的话，或许掀不起什么风浪，但让人没有想到的是，这些人的手中居然握有“魔化之核”这样恐怖的武器。
“魔化之核”是BPRD研究实验室中所提取出的一种类似核心的东西，它的材料来源是被BPRD所击杀的恶魔尸体。科学家们经过无数次的失败，最后终于能够将恶魔血液中的混沌能量完美地提取了出来，这就是“魔化之核”的本质。
但是很快科学家们就发现了“魔化之核”那令人恐惧的事实：一旦这种物质接触到了活物，那么混沌能量就会充盈活物全身，并使他们的身体高热化。这种变化的最终结果，就是会使任何接触的活物全部变成一颗颗高爆炸弹。
在最终得知了这个真相后，BPRD总部立刻下令永久封存已经提取出的“恶魔之核”，并且永远禁止进行提取恶魔体内混沌能量这类的研究。
但被称为“达摩克利斯之剑”的组织却不知从何处拥有了“魔化之核”，并通过简单的改造将它们变为极为恐怖的武器。他们宣称要净化这个世界，而用于净化的兵器就是他们手中的“魔化之核”。
因为事态十分严重