运用在工业发酵食品菌种上，如对酵母菌和乳酸菌的改良。此外，还可以对生产食品添加剂和加工助剂进行转基因技术改良。
在医学上，转基因技术同样运用非常的广泛。转基因技术能够应用于蛋白质多肽药物的生产，如生产胰岛素、干扰素、免疫球蛋白、人血红蛋白、粒细胞等等珍稀药物。还可利用动植物生产疫苗，像乙肝表面抗原基因，口蹄疫病毒蛋白基因，狂犬病病毒g蛋白基因等等。
在渔业上，同样可以利用转基因技术可以改善鱼类养殖性能，增强其抗寒抗病能力。根据相关报道和公开论文，已经有多种哺乳类动物和禽鸟类的相关基因被成功地转入到鱼类的基因组中，使转基因鱼的肌肉蛋白含量和饲料转换率明显提高，生长速度加快。
此外，技术人员还利用转基因技术培养观赏鱼，如近些年比较流行甚至泛滥的那种小热带观赏鱼，红色，绿色，蓝色颜色非常的丰富，甚至有一些呢还可以在夜间发荧光。这些鱼呢，并不是天然存在的，而是技术人员将一些发光水母和深海鱼类的基因转到这些鱼上，从而培育出来的全新品种。
在畜牧业上，同样的转基因技术也在大显身手。
它可以改良畜禽生产性状，通过转基因技术，可促进动物的生长速度，提高