查的事实奏报给内阁和皇帝，他在奏疏中直言道：
“献地不止弃地、通虏不止啖虏，根本就是在私通敌奴，罪可至死。”
万历皇帝和朝廷也因此得知了李成梁的真面目，但李成梁久镇辽东，万历皇帝也不敢轻举妄动，只是下了一道诏书罢免了李成梁，然后赏赐了一些东西，给了他一个台阶下，李成梁也光荣退休。
后萨尔浒大败，万历皇帝任命熊廷弼为辽东经略，早已深恶李成梁的他第一把火就烧向李家，他第一本奏疏就是请旨罢免李如桢总兵官的职务。
然后又来了一波大清洗，将那些临阵脱逃、贪生怕死的人全部清除出军队，这些人当中大部是李家的人，都是萨尔浒之战跟随李如柏逃回来的。
沈阳的李家余党很快就被锦衣卫所抓获，毕竟杨寰所户的锦衣卫也在这里呆了大半年，这些军将他们早已调查的一清二楚了。
这场针对辽东李家的大抓捕持续了近五日之久，在这期间羽林军五千骑兵没有休息片刻，这个点抓完立刻去下一个点，很多人根本不知道什么情况就已经被套上枷锁下了刑狱。
前前后后一共抓了近百人，这些只有少数是在任的将官，一大半都是已经退休或者已经被罢免的余党，朱由校对于他们可是一视同仁的，当年