又把镶蓝旗的部分旗丁迁入正红旗，与剩下的两红旗甲兵编为正红旗，自己做旗主。
余下的各旗也都差不多，原先几次在关内的战败，使得满洲八旗各有损伤，尤其阿济格的两白旗，几乎全军覆没。
阿济格被唐通所杀，对整个满清的打击是巨大的。
为弥补两白旗巨大的损耗，多尔衮下旨征召新的旗人入编，就像前些次建奴征召一样，辅兵全部直接转为步甲，但凡能拿动兵器的旗人，全都被强制征召入伍。
在此之后，多尔衮将损失较小的一些旗与损失大的旗混编，很快形成了新的满洲八旗编制，即便如此，如今的八旗依旧不能再与原本那样相同。
首先是人数上，原本的八旗有十几万，现在即便多尔衮征召了新的旗人，最多也只有十万人不到。
还有就是蒙八旗和汉军旗的编制，无论多尔衮再怎么强行组建，几乎也已经十不存一，蒙古人和汉人都不愿意再为满洲作战，逃亡严重。
针对这种情况，多尔衮将蒙八旗合为一旗，称为蒙军旗，将汉八旗也彻底整合为汉军旗，并且新封两个汉人亲王。
耿仲明之子耿继茂袭封怀顺亲王，尚可喜之子尚之信袭封智顺王，以此二人继续统领汉军旗。
蒙