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大同边关之地，李贽对军事起了兴趣，开始写作《孙子参同契》。
梅国祯称之为“集兵家之大成，得《孙子》之神解。”
李贽随后又去南京待了段时间，在焦竑帮助下出版了《藏书》。
当时士人“全不读《四书》本经，而李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货。坏人心，伤风化，天下之祸，不知所终。”
等李贽再回到湖北，原寄居地已被湖广监察御史烧成白地，“置诸从游者法。”
东林党人冯应京能拜服耶教门下，也参与过翻译《几何原本》，却不能容忍李贽。④
老冯在反对万历矿税的斗争中也算急先锋。后因事被逮捕，百姓“拥槛车号哭，车不得行”。
他在《舆地图叙》写“即如中国圣人之教，西士固未前闻，而其所传乾方先圣之书，吾亦未之前闻。乃兹交相发明，交相裨益。惟是六合一家，心心相印，故东渐西被不爽耳。”
嘎灯都能拜服，可李贽的“异端邪说”却不是谁都能接受。慕洋犬果然是祖传。
万历三十年，著名东林党人，当时还只是礼科给事中的张问达上疏弹劾李贽：
“李贽壮年为官，晚年削发，近又刻《藏书》、《焚书》、《卓吾大德》等书，流