碇真嗣现在的问题就是父母的不和的问题，他们的目标相差太远了，碇唯惦记的不是自己的幸福，而是全人类的机会。而碇源堂就想着自己，连儿子都顾不上。
由《人类补完计划》衍生出来的三大派系，一seele为引导的补完派，二以碇唯为核心的选择改良派，三碇源堂的篡夺派。当然后来还有以葛城美里为核心的反对派，她想要阻止补完计划，维持现状。
一个计划就能衍生出四个不同的选择，可以说是君子和小人的大决战了。君子和小人并不在才华、天赋、知识、手段等方面有差距，只是在立场上有差距。
所以站在各自的立场上来看自己都是君子，对方才是小人。
当两个完全相反的立场出现，可能是一个对，也可能两个都错。因为不能两个全对，所以只能不断厮杀。
剧场版最后葛城美里一方对碇源堂一方的战斗，就是计划篡夺派对反对派的对决。seele代表的计划原教义派一早就被碇源堂给踢出了计划，早早就被消灭了，也是呜呼哀哉。
而碇唯所代表的选择改良派是静观其变，反正待在初号机里就能保护最后的选择。就算真的发生了补完，只要初号机驾驶员还活奔乱跳就还能重新开始。
所