宋群岛的土地，成为了新的殖民者，转过头来对菲律宾土著起义军进行残酷而血腥的镇压，手段可谓极其凶残，重者毁村灭镇。
深感受到欺骗的菲律宾起义军愤怒了，深感自己被出卖利用了，他们召开了马洛洛斯大会，起草自己的宪法，宣布独立。
1899年1月1日，菲律宾共和国宪法在临时首都马洛洛斯正式颁布实施，1月5日，阿奎纳多总统发表了阿奎纳多宣言：
如果花旗国一定要在菲律宾施行帝国主义统治，则菲律宾人民别无选择，为捍卫菲律宾的民族独立，只有与压迫者、侵略者奋战至生命最后一息。
我相信，全世界有良知、有正义感的人们都会明晓是非黑白……
这场历时三年半的战争，以花旗国的胜利而告终。
在这场战争中，花旗国军队共派出了12.6万人，其中阵亡了4374人，共花费军费10亿美元。
而菲律宾方面，官方数据是士兵阵亡2万多人，平民死亡25万。
但是从一组数据中，可以看出平民死亡数不仅于此。战争爆发前，西班牙统计的人口数据为900万。
战争结束后，花旗国统计的人口数据为763万，整整137万人的缺口。
即便不计算人口的自然