到报复，乘车前往五原赔罪。
他一见冯玉祥，扑身跪便在地上大哭起来。
冯玉祥说：“过去的事，一概不谈，过两天我就到包头去!”
随后，冯玉祥的国民军联军总部迁至包头，石友三又叛离阎锡山的晋军，被编入国民军联军，再度投靠冯玉祥。
1926年11月24日，冯玉祥率国民军联军撤离包头赴陕西。
石友三被任命为援陕第五路总指挥、国民革命军第二集团军第一方面军副总指挥兼第五军军长，但石友三迟迟不动，直到奉军万福麟部逼近包头，他才率部离开。
1928年，国民政府对各路部队进行整编，石友三部被缩编为国民革命军第24师，驻河南信阳。
1929年3月，蒋桂战争爆发，冯玉祥摇摆不定，先命令石友三进军襄樊支持桂系，桂系失败后，又命令石友三进军武汉拥护蒋介石。
5月，蒋冯战争爆发，石友三在蒋介石收买下叛离冯玉祥，6月1日，率部开赴许昌投蒋，后改驻山东德州。
同年秋，石友三被老蒋任命为安徽省主席，受命率部南下讨伐陈济棠和桂系。
石友三不愿南下，转而支持唐生智反蒋，率部进军长江北岸