回了南京，随即便被戴笠的人给软禁了起来。
1937年1月，南京军事法庭对张学良进行审判，他的罪名是阴谋团伙首犯，对领袖使用暴行胁迫，杀害政府官员等等。
最后判决结果是10年监禁。
随后虽因蒋介石的《求情书》而特赦，免除了10年监禁，但仍然需要交由军事委员会严加管束，真正获得自由的希望彻底渺茫了。
接着，南京政府宣布命令：
撤销西北剿匪总司令部免除张学良职务;
免除陕西省政府主席邵力子职务；
杨虎城、于学忠均予以撤职留任；
任命顾祝同为军事委员会西安行营主任；
任命孙蔚如为陕西省政府主席；
免去朱绍良的兰州绥靖主任；
任命王树常为兰州绥靖主任；
任命冯钦哉为第17路军总指挥。
于学忠在西安事变后暗中上表，效忠南京，但因兰州事变中，他的51军发挥了重要作用，所以受撤职留任处分。
孙蔚如本来效忠杨虎城将军，但随后受杨渠统的策动，曾建议杨虎城武力营救蒋介石，这事汇报到老蒋那儿，所以他被晋升为陕西省政府