太医院的职能自不用说。
最后一个上林苑监，相当于农业部，农林牧副渔这些事情都是它管。
九个主要行政衙门加上十一个辅助的事务机构，再以内阁作为核心，这样就形成了完善的中枢行政系统。
而地方上，则是实行的三司制度。
这个三司指的是管理民政的布政使司、掌管司法的提刑按察使司以及掌管地方军都指挥使司。
名义上三司是职权独立，又互相牵制的。
当然，这是常设官职。
后来，因为需要临时需要，朝廷又临时设巡抚乃至总督统领这三司，慢慢的巡抚和总督这种军政总揽的封疆大吏就成了常设官职。
以上说的主要都是行政系统。
至于军队系统，六部之中有兵部。兵部之外还设立了五军都督府。
五军都督府包括明朝中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府和后军都督府，分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。
其实在明朝刚立国的时候，没有五军都督府，而是设置了一个大都督府。
大都督府的权力非常大，既有统兵之权，也有调兵之权，是全国军队最高的统率机构。