江后土等高手尽皆来到了紫霄宫,抢夺鸿蒙紫气,可惜到了最后,帝俊太一和十二祖巫都没得到鸿蒙紫气,巫妖两族的斗争依然没有改变,但由于其他六道鸿蒙紫气的被另外六个高手所得,因此巫妖两族不敢轻举妄动,于是洪荒世界再次安静了二十万年,但该来的迟早都会来,巫妖两族忍耐了许久之后,终于爆发,一场可比龙汉大劫的劫难来了。
一百万年前,第三次巫妖大战爆发,这场战役遍布了整个洪荒,天空大地到处都是战场,巫妖两族打的是天昏地暗,血流成河,所有妖王大巫都在这场战役中战死,就连妖帝帝俊,东皇太一也和十二祖巫同归于尽,于是,巫妖大劫摧毁了巫妖两族所有势力,由巫妖两族统治的洪荒世界也宣告破灭。
而这次大战中值得一提的是,鲲鹏也参与了,之前两次大战鲲鹏一直保持中立,但在鸿钧紫霄宫讲道后,鲲鹏因为没有得到鸿蒙紫气,于是便应付不了自己的一个得到了鸿蒙紫气的仇家,便加入了妖族,被妖帝帝俊招为天庭第一妖师,受妖族庇荫。第三次巫妖大战爆发后,鲲鹏被十二祖巫打伤,不过还好被人就走,存活了下来。
巫妖大劫结束后,洪荒世界的时代也算是彻底结束了。由道祖鸿钧建立的万神天庭成为了这个世界的唯一领