称为都头，品阶为尉官，有上下尉之分；营的长官称为指挥使，团的长官称为团练使，品级为校官，有上中下之分；师的长官称为防御使，军的长官称为提督，品级为将官，也有上中下之分。另外尉官、校官、将官，还有封号。有了封号，才可以进入忠烈祠，享受春秋二祭的祭祀，在军中可以将封号，绣在军服上，以示荣耀。尉官以“勇”字开头；校官，以“忠”字开头，将官以“智”、“仁”、“信”字开头，再往上的品级还有元帅，封号以“武”字开头。例如，一个队长立了大功，除了论功行赏之外，还可以赏赐封号，比如“勇安尉”一类的。为了更加全面的控制和掌握军队，马云还在军中营以上单位设立了文工团，专门给军中的将士，讲讲评书，说说故事，大都是宣传忠君爱国不怕死，或者是些生活中的小乐子，给官兵解闷儿。
指挥使、防御使这些叫做军职，除此之后，还有官职，比如一个营驻扎在岳州，那么营的长官的军职是指挥使，官职是岳州守，在官阶上比岳州刺史低了半级，负责岳州的防御工作。马云重新组织了楚国的军事指挥体系，将梧州道和柳州道整合在一起，称为岭南西道，任命马光猛为岭南西道都统，马氏第二军提督，少将衔；郎州道改为黔中道，任命曹芸为黔中道都统，马