整个打捞过程，以及之后的研究和猜测，其中有许多属于绝密级别。
对于没有找到黄金和珠宝，对外宣称是因为当时深潜技术和深水除泥技术不足，还有一部分船体埋在淤泥里面没有挖出来，所以没有找到黄金等贵重物品和文物。事实上中国那时的专家很敬业也很专业，当时自创的许多技术已经超过世界最高水平；当时中国海军“水鬼”潜水能力也是世界一流的，几乎把整条船都一块块拆下来了。虽然剩下一点没有拆掉，也已经探明了下面没有有价值的东西，最后甚至把阿波丸号船头吊出了水面……这是国务院和中央军委督办的事，哪里有可能半途而废？
事实证明船上海量的贵重物品不翼而飞，因为沉船处于中国和台湾之间敏感地带，一直在双方监视之中，当地风高浪急打捞难度也很大，不可能被别人先捞走了。更离奇的是，阿波丸号是在靠近船头三分之一处完整地折断，呈t字形舱面朝上沉于海底，船身上只找到两处鱼雷破坏的地方，都不是致命伤，导至它沉没的直接原因是被折成两断，而鱼雷是不可能造成这种损伤的。
有人推测说是日本人在船上装了自爆装置，被鱼雷击中之后自己炸沉了自己，可是鱼雷造成的伤害不严重，潜艇是追不上它的，它为什么不逃？