兵器及物质供应；护军院、军法司、军官训练所合并，组成新的护军院，主管全军人才培养、人事调派、军纪军法。判事厅单独设立，作为大元帅府的事务性机构。
参谋厅、军料院、护军院三部首长组成最高军事参谋机构。
设政务总管府，全面协调各部局和地方行政、经济事务。政务总管府和军事总部联合成立军政动员总署，负责军事动员、筹措物资。
设情报总管一人，协调各情报单位，整合情报资源，向最高决策机构提供支持。
军事、政务、情报和军政动员总署首长组成最高决策咨询机构。
筹备幽州留守府、辽东留守府和燕北留守府，作为战时大后方的留守机关。
各部军队以师为一级单位进行整编，除总部直属队，各师亦相应设置参谋厅、军料院和护军院协助军事首长统率所部。
按照预案一旦天下大乱，长安、洛阳等腹心地带出现重大危机，李茂将亲率三军南下平乱，后方由郑孝章坐镇，以幽州、燕北、辽东三大留守府为依托，总理大后方军政事务。并以军政动员总署为依托为南下大军组织兵员、筹措物资。
这是一次伤筋动骨的大手术，做来并不轻松，故而成事之后让主刀