这便是不合理。倘使张居正正名定义是宰相，那些公文又只要送宰相，不须再送到皇帝。所以从制度论，张居正的办法终是讲不通。清代军机处向六部尚书大臣及各省督抚直接下命令，这些发出的命令还是皇帝的。因为政府最高出命权属于皇帝，军机处不过是皇帝御用的秘书，实实在在只是皇帝的一个“南书房”。
清代政府发布最高命令的手续，又是非常不合理。他的最高命令称上谕，上谕又分为两种：一种是明发上谕，一种是寄信上谕。明发上谕都是比较不关紧要的事，譬如皇帝出外巡幸，上陵，经筵，救荒，以及中央政府尚书，侍郎，地方政府总兵知府以上的升降，以及晓谕中外诸事，都由内阁拟好，皇帝看过，再由内阁交到六部，这是中国向来的惯例。寄信上谕是清代特有的，不按上述程序，而直接由皇帝军机处寄给受命令的人。譬如给江苏巡抚的上谕，直接寄给巡抚，旁人谁也不知道。或者要交给吏部尚书的，也是直接寄信给吏部尚书，此外无人得知的。开始时，或因军事机密，才用这办法，后来凡是紧要的事，差不多都用寄信上谕发出了。这种上谕，由军机处拟给皇帝看，皇帝看过以后，封来盖起一个印，这个印叫“办理军机处”，这是说办理军机的地方。什么人在那里办理呢？这当然是