所以到后来，举凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给之类的事务，皆由所属都司卫所上报于都督府，都督府再转送兵部请选。选定后，经由都督府下达都司卫所。如此一来，都督府就变成了一个传话的机构，实权几乎没有，自然也无法有效节制各地都司卫所。
而兵部呢，又没有直接管辖各都司卫所的权力，最后的结果，显然就造成了两不管的局面。
其实田从焘对这种类似于府兵制的制度，并不太看好。首先管理难度大，容易滋生弊病；其次战斗力低，军心涣散，难以产出军事人才。世袭制限定了军士们的身份，没有上升空间，太平年代，只能苦哈哈的受上官奴役，不太平了，又被推出去当炮灰，换了他也要逃跑。
可惜他只是奉旨整顿卫所，并不是要废除卫所，所以只能在现有基础上，想一些改进措施。所以他请来了秦远。
秦远答应帮忙之后，没多久就提供了一份整改措施，这份整改建议很全面，但终归只能治标，难以治本，所以田从焘拿到之后，只说要好好看看，并没有递上去给田惟彰看。
可是在把卫所查了个底朝天之后的现在，田从焘又不得不承认，秦远的这份方案实在算得上是面面俱到、老成持重，是个不伤筋动骨，还能达到一