扎克出生于纽约的一个犹太人家庭，但他声称自己为无神论者。扎克开始写程序是在中学时期。他的父亲在20世纪90年代曾教导他Atari BASIbsp;Programming，之后聘请软件研发者Newman当他的家教。Newman曾说扎克伯格是一个神童。
扎克高中时，已经在家里附近的Merbsp;College上课。他很喜欢程序设计，特别是沟通工具与游戏类。他还开发过名为Zuet的软件程序，让父亲可以在家里与牙医诊所交流。这一套系统甚至可视为后来的美国在线实时通信软件的原始版本。根据作家Jose Antonio Vargas所描述的：“扎克创造孩子们的电脑游戏。”
扎克在高中时期，还创作了名为Synapse Media Pyer的音乐程序，并且借由人工智能来学习用户听音乐的习惯，并且被贴到Sshdot上，被Pbsp;Magazine的五星评价为3颗星。微软与美国在线当时就想要招揽并训练扎克伯格，不过扎克伯格仍选择于2002年9月进入哈佛大学。
在哈佛时代，扎克被称誉为是“程序神人”。他跟着犹太人Alpha Epsilon Pi学习心理学与运算