专设有各种名义上的监督机构，如监事会、监测研究部门、社会监督委员会、社会监督办公室等。这种监督机构作为组织结构的一种实体存在，一方面是组织结构设计标准化原则要求；另一方面又是由慈善组织的特性所决定的。在我国，许多慈善组织是从政府机构中分离出来的，那么它作为政府机构利益的“代言人”，在政府组织运作的指引下，必然出现类似政府监察机构一样的监督机构，名义上体现出结构设计的透明化和标准化，实际上是为更好地获得公众的信赖与支持，大力发展慈善组织。而那些民间慈善组织碍于非营利性组织性质，它的运作必须是社会化的运作，组织结构设计也必须体现出正规化和制度化，让外界从心理上接受的组织结构要求它必须有一定的监督机构。慈善组织的特殊性也就造就了这种相类似的组织机构设计。
理事会之下除设立秘书处之外，还设有顾问和咨询机构。这种结构设计可以说从直线式纵向组织脉络上巩固了组织结构的稳定性和全面性。如果将慈善组织结构视为一个自上而下的组织线条，那么咨询机构的存在正是在横向上完善了组织结构。当然，咨询与顾问的存在也不止完善组织结构这么简单，更重要的一点是通过这些顾问和咨询机构，慈善组织从外界获得