明朝洪武元年，明朝建立后，朱元璋派遣徐达等将领攻陷大都（也就是顺天），元朝在中原的统治宣告结束，但是元朝并未灭亡。
元朝退守蒙古本部，因国号仍叫大元，以其地处塞北，故称“北元“。
元惠宗出逃大都后，坐镇蒙古继续指挥各路元军镇压民乱，同时聚集兵马，想重新攻占大都，但此后北元几度南征都未能重占大都，1389年，北元在蓝玉率领的明军进攻下灭亡。北方进入鞑靼时期。
建文二年，东贴木儿汗继承全蒙古的汗位之后，其子坤贴木儿继承汗位。阿鲁台任知院，以后又任太师。
这里有个奇妙的地方，东贴木儿汗继任全蒙古的大汗，就不再担任自己小部落的大汗，儿子继任，相当于部落首领。
蒙古就喜欢到处封汗国，有些汗国独立，有些又隶属。
建文四年，布里牙特·乌格齐去“大元“国号，复称蒙古。
永乐三年，蒙古各部在阿鲁台的率领下出兵攻打明朝。当时朱棣还在镇压刚即位的全国动乱，无力对付北方，于是就想到了北方的土尔扈特部落。
土尔扈特部是西蒙古的四部之一，最初活动在今天塔城一带地区。这个部落特别崇尚中原，在清朝的时候还发生了其部