一所，无论从规模、名气还是藏书来说，都不足以名列前茅。倒是同在饶州府的铅山县鹅湖镇的鹅湖书院，作为古代江西四大书院之一，自从南宋理学家朱熹与陆九渊等人举办了“鹅湖之会”以后，在文人的眼里名气就更大一些。
只是昌南书院没有随波逐流地研讨程朱理学，而是建立门派，另辟蹊径、特立独行地推崇侠义精神，重点传授绝世武功，强调以武会友，搜罗了大量的武林奇才，培养了许多真正的武林高手，在南宋最后的几十年里，为阴柔孱弱的南宋输送了一大口阳刚之气，也因此成为了蒙古朝廷的眼中钉、肉中刺。
当年，元代统治者从蒙古南下入主中原后，出于缓和阶级矛盾、进行文化控制的需要，十分重视文化教育，其表现之一便是大力提倡理学，奖励书院，因而书院在元代也得到了很大发展。其实当时的蒙古统治者还有另一个目的，那就是继续让汉人重文轻武，积贫积弱，从而无法组织大规模的武装力量，有效的抗击蒙古的残暴统治，以此巩固元朝的江山。同时，蒙古朝廷对各大书院实际上控制极为严密，自由讲学风气不浓，书院充满官学气。所以，在“侠以武犯禁”、“二十户人家只能共用一把菜刀”的年代，蒙古朝廷又怎能容忍昌南书院不断地培养元朝统治者的