为了发泄因为战争积聚的压力，往往会对抓到的俘虏进行残酷的刑罚和报复。
而这其中，因为战争发生在巴拉圭国内的原因，没有自卫能力的巴拉圭百姓遭受的战争迫害比巴西一方更为严重。
居住的村镇被烧毁、村庄中的男性因为有参与战争的嫌疑被抓捕、处死。
第一次巴拉圭作战时期，巴西帝国军队针对巴拉圭百姓采取的极端措施，一次又一次在巴拉圭北部、中部地区上演。
巴西军队败坏、松散的军纪，对巴拉圭普通百姓造成了极大的伤害，然而，面对基层各部队恃强凌弱的强盗行径，即便巴西共和国陆军元帅绍佩托下达了数次命令，明令禁止部队随意劫掠巴拉圭百姓，但是，因为进入巴拉圭境内的各参战部队分属不同派系，并且每支部队中都混编了三分之一以上的黑人士兵等原因，绍佩托的命令经过许多刻意偏袒、放纵手下士兵劫掠的军官层层传递之后，根本没有得到有效执行。
巴西共和国军队劫掠、伤害巴拉圭普通百姓的暴行，即导致了大量巴拉圭百姓流离失所、奔走逃难，也激起了许多巴拉圭百姓的反抗意志，大大小小的民间抵抗武装接连不断出现，巴西共和国军队设立在巴拉圭中北部地区的数十个中转兵站、后勤转运站也经常传