铁路路基坍塌和一次山洞挖掘失败的事故，从而导致了德国设计工程师和本土工程建设部队临时变更施工计划，在晋州铁路路段绕过一段长约十二公里的山陵地区，将晋州境内铁路路段总里程增加了八公里，拖延了总体的施工进度。
第一次在外国工程师协助下修建铁路，中途难免遇到一些困难和挫折，不过鉴于铁路在国家经济发展中的重要地位，1881年3月20日，经过中央各部门主官讨论，上报李明远批准，铁路发展司从工部中剥离，单独成立铁道部，负责铁路建设、管理、维护等相关事务。
伴随着国家人口增长、国土面积增加以及政府内部各项事务增多，早期设立的中央十二部、院中，有些部门职能事务增加、各细分领域职责、职能事务不明，也由此带来了数百起部门之间扯皮、推诿责任的事件，甚至有四起牵涉到重要的军、政事务案例，官司打到了李明远这里。
工部、户部、财政部、总参谋部是日常牵涉最多的部门，工部经常因为水利建设、财政建设拨款、涉军事工业等领域与户部、财政部、总参谋部发生职能冲突，而户部、财政部也会因为其他原因，与商业部、吏部等部门发生纠纷。
面对各部门之间的乱象，李明远已经就重整中央合部、分割