国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。
其实南京六部是不能和北京六部相比拟的。虽然两京六部名称相同，都称吏户礼兵刑工，但是南京的尚书官品和职权都不和帝都北京的尚书们在同一个档次。北京六部尚书可以进入内阁，担当首辅。因此北京六部是帝国的统治中心，而南京六部基本上属于养老院和发配降官的地方，非常没有前途，属于闲职。
南京有全套的政府机构，基本上都是闲职，其中南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务，一般这三个人中以南京兵部尚书为主，算得上比较紧要。其余南京户部和都察院也有一些职能。
府院门口的几名护卫见一行陌生人朝府衙走来，急忙奔出持刀吼道：“大胆，这应天府岂可是闲杂人等随便进入！”
于世龙哈哈哈大笑了两声朝一个年长的护卫道：“麻烦老兄给里面的刘知府带一个话，就说杭州知府于世龙求见！”
那名年长的护卫一愣道：“你是于世龙于知府？”
于世龙点了点头道：“不错，正是本府！”
那年长的护卫将于世龙从头到尾的