燕王获得全胜，建文四年6月13日，燕王统领大军开进南京金川门。
当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。
据宫中传闻建文帝死于宫中的大火中。文皇帝朱棣望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。
中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：“果然，若是痴耶！吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎！’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，文皇帝备以天子礼仪殓葬。
文皇帝后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。
但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。
燕王为让天下知建文帝已****，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。”唐逸道：“难不成太祖当年已知文皇帝要发动靖难之役？这个也？”我道：“虽说不可能，在也不能说没有可能，当年在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。文皇帝死后，他又回到京城