自英宗即位后，经景帝、宪宗、孝宗七十多年，是中衰时期。这时期宦官当权，政治腐败。经济上土地高度集中，一大部分自耕农，甚至中小地主在大地主及官吏的重重盘剥下破产，而有权有势的大地主及官吏大量侵占土地后，又不纳田赋，明廷出现了财政危机。为了增加明廷的财政收入，把大地主、官吏应交纳的田赋转嫁到农民的身上。农民在无法忍受的压榨下，纷纷揭竿而起。其中规模和影响较大的有广西和尚杨行祥的起义，浙江人叶宗留率领的破产农民的起义，福建皇丰、福安等地银矿矿工起义，福建邓茂七为首的农民起义。为镇压农民起义，明廷增加税赋以适应军费的支出。这样便形成了恶性循环。明朝走向中衰，集中反映在财政危机和农民起义这两个问题上。
洪武元年，太祖颁布诏布，“复衣冠如唐制”，禁止辫发、椎髻、胡服、胡语、胡姓。明初还曾明令禁止闽南蒲寿庚后代入仕为官。蒲寿庚系穆斯林，宋理宗年间，授泉州提举市舶。入元后，因助元灭宋有功，曾官至江西行省左丞。朱元璋建明朝以后，因以蒲寿庚为代表的闽南穆斯林曾帮助元朝统一中国，朱元璋借此复得分复仇，致使这一带的穆斯林从此衰落，被同化。《明律》规定，色目人不得同类自相嫁娶，如果违犯，打80杖，