中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔.穆尔塔不禁大喜过望。
遭到联邦舰队和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草薙号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。
由于主天使号的两个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向ZAFT军的宇宙要塞“博亚兹”进军。
没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。
焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——Genesis（创世纪）
d的最终一战终于引来了序幕。德拉克.D.夏亚的最终敌人，万恶之源中遗