兄乃西南人士，想必能有方略，便巡视西南，督促此事可好？”
杨廷和深深的看了一眼余飞，缓缓道：
“子扬如此心慈手软，我不看好你的改革，我会在西南等着为你收拾残局。”
余飞一笑，拱了拱手。
经此谋逆大案，朝中的守旧势力被清扫大半，余飞趁机提拔了许多有抱负有理想的年轻官员，其中如夏言等更是其中的佼佼者。
天始元年三月，谋逆大案正式结束，其中被波及者接近万人，而余飞为震慑后来者也都从重判罚，全部抄家斩首，连孔家北宗都被连根拔起一个不留。
本来余飞想要顺势废除孔家特权，连衍圣公的爵位也准备收回，却遭到了极大的反对，连王阳明都上门亲自前来求情。
“孔家谋逆，当夷其族以警后人，下官并不反对，但圣人的地位不可动摇，不然天下人心将会大乱，难以约束，且后人不孝与圣人何辜？太师三思矣。”
余飞经过几日的考量之后，还是接受了王阳明的意见，迁南宗回山东，继承衍圣公的爵位，只是祭田只能剩下一顷，且世代为孔家人担任的曲阜县令从此也将由朝廷派遣。
孔家特权基本被余飞废除，只保留了面子上的地位。