朽木元纲等人的被俘，意味着高岛郡对于浅井家来说已经如吃饭喝水一样的简单，接下来要做的便是接受各豪族遣送来的质子，以及安排浅井家老臣与高岛郡原本的豪族互换领地。[八零电子书.]当然，需要互换的皆是没有质子的豪族，比如说朽木家，这些事情吉秦并不是很懂，所以没有参与。
在高岛郡平定战中，可以说吉秦就是一番功（功劳第一），但是这些功劳，吉秦觉得在回到小谷城进行评定会的时候恰好够正式受命军师一职的，所以吉秦便拒绝了长政想要将今津城五百石领地赏赐给吉秦的想法，并且将自己的想法告诉了长政，长政沉吟了一会儿后，便同意了。
之后吉秦也没有闲着，一直在努力的对水军众进行着训练，当然，吉秦并不是训练水军众的水上作战能力，而是训练水军众的陆地作战能力，以此达到两栖作战的效果，如果能够成功的话，那么琵琶湖四处纵横的河流，将会是各国大名的噩梦。
花开两头，各表一枝，却说浅井军在吉秦的带领下以迅雷不及掩耳之势袭取了高岛郡之时，目加田城的犬太郎过的可谓是提心吊胆，虽然六角家只是集结重兵于爱智郡百济寺，并没有要继续向犬上郡逼近的意思，反而是一副防御姿态。