，文科的史学、文学均与科学有关；而哲学更是以自然科学为基础的；同样的，理科的各个专业，都与哲学有关。蔡元培认为，哲学应是科学的归宿。同时，有些学科彼此交叉，根本无法以文理来划分。例如，心理学以前从属于哲学，由于后来广泛采用科学试验的方法，归入理科也说得通；再如地理学中的人文方面应属于文科，地质专业的地文方面则属于理科的范畴。
蔡元培批评文理科划分得过于清晰，弊端很大。他认为这造成的后果是，文科生将“因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏”，理科学生则“以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观”。这个看法是深刻而富于远见的。蔡元培坚决主张北大应打破学生“专己守残之陋见”，“沟通文理，合为一科”。
1918年9月20日，蔡元培在开学仪式的演讲上说；“近并鉴于文科学生轻忽自然科学，理科学生轻忽文学、哲学之弊，为沟通文、理两科之计画。”
1919年，蔡元培即废止北大文理科的科别，将原来分属文、理、法三科的14个专业一律改成为系，原来分属于这三科的各系分别改称第一院、第二院、第三院。这个院，不是院系的院，而是大院的院，也就是说，是按各科所在