冯虽然软弱，可是在李纯问题上却很强硬。他表示总统没有权罢免督军，如果他有罢免督军的权力，则他第一个要罢免的督军，不是李纯而是擅自率兵入关，劫取军火的张作霖。李纯如果有罪名，只是主和，主和并不犯罪，张作霖自由调兵威胁总统，比主和的罪大多了。
冯国璋请徐世昌出面，邀张作霖进京一谈，他对徐世昌说：“最好雨亭（张作霖）自己带兵去打秀山（李纯），不要逼我下一道不能执行的命令。”
这时，有一部分奉军开到了韩庄。
李纯连来三个电报请辞，在请辞电报中痛斥张作霖：“派兵入关，要挟中央免纯职务，并劫夺军械，不允交还，种种情节，殊堪诧异。值此外患逼境，吉黑危在旦夕，全力御外尚虞不足，今反以大军入关，其用心奸险，司马昭之心路人皆知。”
段祺瑞指使皖系的阁员在国务会议上通过议案：李纯经常请假，叫他离职养病，不开去本缺，派卢永祥代理江苏督军。
冯国璋拒绝在这个命令上盖印，同时指使李纯即日销假以资抵制。
段祺瑞又建议内调李纯为参谋总长，冯国璋也不同意。
由于段的压力不断增加，冯才答应仿照以前处置陈光远的办法，给李纯以“革职留任”处分，但段不同意。