冯要过问全国大事，坚决不做有名无实、像个泥塑的大总统。段在这一方面总算让了步，自民国六年十月八日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓。
在用兵方面，段的主张是武统南方，而冯和陆荣廷、唐继尧有交流，希望和南方和解。
在对四川用兵时，是平定四川内乱，从表面看是不得已而为之，两个人没产生太大的分歧。但是对湖南用兵不一样，于是，两个人的矛盾和冲突公开化了。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政.府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁。这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。
刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。
当湖南战事发生后，北京政.府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江