九月一日，非常国会根据“组织大纲”选举大元帅，孙中山在九十一票中以八十四票当选。次日补选元帅二人，陆荣廷以七十六票，唐继尧以九十三票当选。
九月十日军政.府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。
孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政.府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，九月八日唐来电不受元帅。不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政.府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见。反对另组政.府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。
非常国会对陆这个态度未敢谴责，而是提前到九月三日后补一项决定，迎接黎元洪南来继续执