他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。
段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
十月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。
冯国璋持相反的意见，主张不要扩大事态。
段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。
明知唐不会离开自己的巢穴来京，这等同于下讨伐令，冯同样不予支持。
争论不下，最后冯作这样的让步。就是只讨伐滇军，不提唐继尧。
十月十七日北京政.府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
十月二十日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外五十里，但本人仍留在重庆。
这期间川军第二、三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。
十月三十日，北京政.府下