高等学堂。光绪三十年（1904年）十一月，入日本振武学堂与士官学校。宣统元年（1909年）九月，任云南讲武堂监督兼步兵科教官，后升总办。民国六年（1917年）二月，到任陕西省长。民国十一年（1922年）十一月，任北洋政.府农商总长。
民国十二年（1923年），因反对曹锟贿选总统，辞去其国会代表职，隐居吴中。民国二十九年（1940年）春，返回昆明就任云贵监察使职。李根源病逝于北京，享年八十六岁，骨灰安葬于藏书小王山。
李根源做为辛亥元老，曾参与领导云南起义，参加“二次革命”、反袁世凯称帝活动和“护法”斗争等革命运动，修建英雄冢，倡导建设“腾冲国殇墓园”，在昆明“重九起义”、云南军都督府建立、滇西问题的解决、边疆民族地区的治理等方面作出过重大贡献。
李根源借欧事研究会为活动基础，欲拥岑春煊为首领。岑本和革命党无关系，不过他是反袁的。癸丑之役，章士钊介绍李根源和岑认识，于是有部分人士欲拥岑在南京组织抗袁的酝酿，这一计划因二次革命失败而孕死腹中，此后李、章、岑便有了经常的联络。
护国之役，岑、李都在西南活动，欧事研究会遂成为国民党温和派的代表力量，且和进