段祺瑞的国务院关于上层和地方的人事安排，也陆续出台：
六月十三日令徐树铮为国务院秘书长，令王式通为国务院参议。
三十日政.府人事大改组，批准原外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐、海军总长刘冠雄、司法总长、农商总长章宗祥、教育总长张国淦辞职。
同时任命唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈锦.涛为财政总长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙洪伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长、段祺瑞自兼陆军总长。
唐绍仪未到任以前陈锦.涛暂兼外交总长，张耀曾未到任前，以张国淦兼司法总长。
七月十二日再局部改组，以孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。八月一日改派谷钟秀为农商总长，张国淦任总统府秘书长。
七月六日，决定对于各省军政首长的名称加以修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。
陆续任命张作霖为奉天督军，孟恩远吉林督军，张怀芝山东督军，赵倜河南督军，阎锡山山西督军，冯国璋江苏督军，张勋安徽督军，李纯江西督军，李厚基福建督军，吕公望浙江督军，王占元湖北督军，陈