军出城夹攻，马队官兵腹背受敌，双方激战三个多小时，至天明，马队不敌退回南湖本营。一路上凫水死者甚众，仅存的四百余余人。
黎本唐、蔡汉卿率军追随围捕，马队官兵逃散。被捕之人，有的被就地处决，有的被解至都督府或司令部正法，有的被解至阅马场杀害，标统和带头的营管带均被正法。
次日，黎元洪下令巡查城内各军，遇有马队二标中人，格杀勿论。又令军警稽查散兵，捉获即杀，不问口供，尸体丢进长江，连姓名、罪状均不宣布。
此役死于战斗中的马队官兵二百余人，湖中泅水死者数十人，被“正法”者数十人，共三百余人，此外，有部分并未参加起事的马队也被误会，指为乱兵，四围合攻，当场枪杀二百余人。蔡汉卿率军到南湖，又误会炮队参与起事，毙炮队数十人。
马队二标失败后，又有马队一标革命党人继起，密谋再举，结果被拿获，又处决数人。九月二十五日到十月中旬，又陆续破获“振武会”秘密机关十余处，数十人被处死。
此外，在武昌周围各县：襄河、沙洋都有振武会活动，荆门、当阳等县亦有振武会分支七星会组织。很快，这些组织均遭破坏，多人被杀。
此番捕杀，死者当在一千人以上。军法局收禁的