安徽的独立，从一开始就是“假独立”。柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱，宣布拥袁。
丢掉了安徽，南京也就门户大开。南京方面也因部分讨袁军反水而作战失利，九月一日南京失守。
随着北洋军的节节胜利，袁系的升官图也紧跟其后。段芝贵仍兼第一军军长，升上将，实授江西宣抚使；张勋亦升上将，段芝贵的右司令王占元兼湖南护军使。
上海方面因南京讨袁军失败，亦功败垂成。袁世凯命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。
广东和四川两地解决得是快又省力，七月二十七日袁派龙济光、觐光兄弟为广东正副镇守使，八月三日龙济光升上将继任粤督，八月五日陈炯明出走。四川方面熊克武虽于八月九日宣告独立，但为时只一月就被解职下野。
湖南独立的局面，主要受湖北的压迫。广东独立失败后，使湘督谭延闿和湘军师长赵恒惕更加孤掌难鸣。
八月十二日湖南为环境所迫取消独立，九月十七日袁令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰，在第